La importancia de este trabajo radica en que ayudará a estudiar genomas virales
Coahuila (México).— Fue diseñado un sistema bioinformático para el alineamiento de grandes secuencias genéticas, por el estudiante Ernesto Ríos Willars, del doctorado en biotecnología de la Facultad de Ciencias Químicas (FCQ) de la Universidad Autónoma de Coahuila (UAdeC).
La importancia de este trabajo radica en que ayudará a estudiar genomas virales, desde el punto de vista bioinformático, y podría llevar a la generación de nuevo conocimiento que permita el desarrollo de fármacos modernos para disminuir problemas y amenazas a la salud humana.
El proyecto tuvo su origen como una tesis para obtener el grado de maestría en informática con acentuación en sistemas de información de la Facultad de Sistemas de la UAdeC. Durante un foro organizado por el Consejo Estatal de Ciencia y Tecnología de Coahuila (Coecyt), se presentó el trabajo de investigación y ahí se realizó el contacto entre el doctor Ernesto Liñán García, coordinador del cuerpo académico de Modelo de Ingeniería y Ciencias Aplicadas de la Facultad de Sistemas, y el Departamento de Biotecnología de la Facultad de Ciencias Químicas de la UAdeC, por conducto de la doctora Yolanda Garza García, coordinadora de Investigación y Posgrado de la FCQ.
Sistema híbrido
GAAPd es denominado por sus creadores como un “híbrido” entre un algoritmo genético y la programación dinámica, utilizando el operador denominado shake. GAAPd tiene como principales innovaciones enfocarse en alinear secuencias particularmente grandes y el operador shake o “cambio de escenario”, es una innovación desarrollada en este proyecto como estrategia para evitar el estancamiento del algoritmo en un óptimo local.
“Existen otros algoritmos que hacen el trabajo de alineamiento de secuencias; sin embargo, el hecho que lo enfoquemos a alinear secuencias particularmente grandes es la primera innovación”, explicó el maestro en ciencias Ernesto Ríos Willars.
La unión de estos dos elementos generó un software aplicado al problema del alineamiento de secuencias genéticas del orden de los cientos de miles de pares de bases.
Shake consiste en que, durante la búsqueda y exploración del enorme espacio de soluciones potenciales, los parámetros que determinan la interacción entre los individuos de una población potencial cambian dinámicamente sin detener la búsqueda. Esto ha demostrado una mejora en los resultados y en el desempeño del algoritmo y alineamiento de secuencias.
Fuente: Conacyt prensa
